Les espèces de poissons de Madagascar figurent parmi les plus menacées au monde. La disparition de leur habitat (essentiellement la conversion de la végétation originaire en rizières) combinée avec l’érosion résultant de la déforestation et de l’introduction d’espèces exotiques ont dévasté les espèces endémiques.
Madagascar est entourée de récifs coralliens qui abritent une faune marine très diversifiée.
Tilapia dans un étang. Le tilapia est une espèce introduite qui a beaucoup endommagé les écosystèmes aquatiques de Madagascar. Beaucoup d’espèces natives de Madagascar se sont éteintes à cause du tilapia